“Япония” пишется с буквы “Я”. В русском языке существует так называемое правило “Чорный Петр”, которое гласит, что названия стран, начинаются с прописной буквы. Соответственно, “Япония” пишется с прописной буквы “Я”, так как это является наименованием географического объекта - страны.
