Ниндзя в Японии проживали в различных районах, но, в целом, их историческое появление связано с регионами Ига и Кога. Ига (современная префектура Миэ) и Кога (префектура Шига) были известны своими местными воинскими традициями и уникальными условиями, которые способствовали развитию ниндзя. Рельефные особенности этих районов, а также их удаленность и обилие лесов и гор вносили свой вклад в формирование ниндзя как отдельной касты специалистов по шпионажу, скрытным операциям и военному искусству.
Ниндзя использовали свои знания о местности, климатические условия и подготовку с территории этих регионов для осуществления своих миссий. Они могли прятаться в горах, лесах, использовать подземные ходы и тайные укрытия, что делало их практически невидимыми и недосягаемыми для врагов. Глубокие знания ниндзя о местности позволяли им успешно выполнять разведывательные задания, диверсионные операции и атаки.
Таким образом, исторически ниндзя проживали в районах Ига и Кога, где особенности природы и удаленность от центральных властей способствовали формированию этой уникальной группировки воинов-шпионов.