Оба варианта “в Японии” и “в Японии” являются допустимыми и корректными написаниями. Однако, следует помнить о некоторых тонкостях, связанных с выбором формы. - “В Японии” - более распространенный вариант и чаще всего используется в речи и письме. - “В Японие” - тоже правильное написание, но более архаичное и реже встречающееся. В современном русском языке это употребление может восприниматься как несколько устаревшее.
Таким образом, если вы хотите быть более консервативными или уважительными, предпочтительнее использовать форму “в Японии”. В то же время, ничего страшного нет и в использовании формы “в Японие” - она также является правильной и понятной для собеседника.