Школы в Японии имеют древние корни и их история насчитывает более тысячи лет. Однако, если говорить о формализованных школьных учреждениях в современном понимании, то можно отметить, что первые школы появились в Японии в эпоху Эдо (1603-1868 гг.).
Первые школы в Японии были традиционными конфуцианскими школами, где обучали детей аристократических и самураейских семей. Эти школы предоставляли образование в основном по классическим китайским текстам и идеалам. С течением времени и с появлением контактов с Западом, образовательная система Японии начала современникаться и развиваться, в конечном итоге приведя к созданию современной школьной системы.
Таким образом, можно сказать, что школы в Японии появились в процессе трансформации образовательной системы под воздействием как внутренних, так и внешних факторов, начиная с эпохи Эдо и развиваясь до современных дней.