Россия имеет сухопутную границу с Японией на острове Итуруп, который является частью Курильской гряды. С момента окончания Второй мировой войны суверенитет над островами Южных Курил был передан Советскому Союзу в соответствии с условиями Потсдамской декларации. Однако Япония продолжает претензии на эти территории, называя их Северными Территориями.
Что касается морской границы, Япония и Россия длительное время не могли договориться о разграничении эксклюзивной экономической зоны в Северном Тихом океане. Это вызвано спором о принадлежности островов Южных Курил. Несмотря на соглашения о двусторонних предпринимательских действий, спор остается актуальным до сегодняшнего дня. Вопрос о признании морской и сухопутной границы между Россией и Японией продолжает оставаться одним из наиболее сложных и спорных в истории двусторонних отношений двух стран.