Префектуры, как административно-территориальные единицы, появились в Японии в середине XIX века, в период Мэйдзи. Реформа административно-территориального деления страны была проведена в 1871 году. В результате этой реформы было упразднено традиционное феодальное управление и введено современное государственное деление на префектуры.
Ранее Япония была разделена на провинции, в каждой из которых правил феодальный сэнсэй (лорд). В ходе реформы Мэйдзи провинции были заменены префектурами, а сэнсэи утратили власть над своими территориями. Вместо них были назначены префекты, непосредственно подчиненные центральной императорской власти.
Создание префектурной системы позволило централизовать управление страной, унифицировать административное деление и установить единые стандарты в области государственного управления. Префектуры с тех пор стали основными административными единицами Японии, каждая из которых обладает определенной автономией в решении вопросов своего внутреннего управления.
Таким образом, появление префектур в Японии связано с модернизацией страны и укреплением центральной власти в период Мэйдзи в середине XIX века.