Христианство было впервые привезено в Японию португальскими миссионерами в середине XVI века, в 1549 году. Францисканец Франсиско Ксавьер был одним из первых миссионеров, который прибыл на остров Кюсю и начал проповедовать христианскую веру среди местных жителей. Его деятельность способствовала распространению христианства в различных регионах Японии.
Сначала христианство находило покровительство у некоторых японских правителей, что способствовало его быстрому распространению. Однако позднее, в конце XVI века, правитель Тоётоми Хидэёси издал указ о преследовании христиан, что привело к тяжелым временам для христианской общины в Японии. В период с XVII по XIX век христианство было запрещено и притеснялось в стране.
После окончания изоляции Японии в середине XIX века и отмены запрета на христианство, начался новый этап развития христианской церкви в Японии. С тех пор христианство стало играть значимую роль в религиозной жизни страны, наряду с буддизмом и шинтоизмом. Современная японская христианская община численно небольшая, однако ее влияние на культуру и общество Японии остается заметным.