Христианство было привезено в Японию португальскими миссионерами в середине XVI века, примерно в 1549 году. Один из самых известных миссионеров, который первым привез христианство в Японию, был Франсиско Ксавьер. Он прибыл сюда вместе с португальскими торговцами и начал активную миссионерскую деятельность.
Первоначально, христианство нашло своих последователей среди японской элиты, в том числе даймё (феодальных лордов) и самураев. Однако со временем стало ясно, что принятие новой религии сочетается с угрозой для существующих японских обычаев и жизненного порядка. Поэтому власти начали принимать меры по пресечению распространения христианства.
В результате периода Христианских преследований в Японии, начавшегося в конце XVI века, христианское сообщество было притеснено и подвергнуто жестоким преследованиям. Многие христианские миссионеры были изгнаны, а исповедующие христианство японцы сталкивались с насилием и иными формами преследования. Тем не менее, христианство выжило в Японии и сохранило свое влияние на протяжении столетий.
Сегодня в Японии христианство представлено различными конфессиями, и христианские церкви имеют своих прихожан по всей стране. Вопреки сложной истории взаимоотношений между христианством и японским обществом, религия оказала значительное воздействие на культуру и общество Японии.