“Япония” пишется с большой буквы в начале слова, так как это название страны. В русском языке в отношении географических названий принято писать с большой буквы как названия государств (Япония, Россия), так и их населенные пункты (Токио, Москва), а также океаны, моря, реки, горы и другие географические объекты.
Если же говорить о написании слова “Япония” в тексте с маленькой буквы, то это может быть оправдано только в случае, когда слово “япония” используется как обозначение растения - японского масла (лат. Glycine max), также известного как соя.
Таким образом, корректное написание слова “Япония” зависит от контекста использования этого слова - как названия страны или как названия растения.