В России Япония граничит со спорными территориями, которые до сих пор вызывают напряженность в отношениях между двумя странами. Основной спор касается Южно-Курильских островов, которые Япония называет Северными Курилами. Эти острова были захвачены советскими войсками в конце Второй мировой войны, что привело к прекращению дипломатических отношений между Японией и СССР.
Сегодня спор о принадлежности островов остается нерешенным, и поддерживается их статус-кво согласно Ялтинскому протоколу 1945 года. Имеется стремление с обеих сторон найти компромиссное решение этого вопроса, однако пока острова остаются под контролем России.
На практическом уровне Россия и Япония проводят переговоры о развитии экономического сотрудничества и транспортных маршрутов между двумя странами. Несмотря на территориальные разногласия, сотрудничество между Россией и Японией в некоторых областях, таких как энергетика и туризм, продолжается развиваться.